Raz w roku pingwiny Humboldta wymieniają wszystkie pióra. W Norwegii dzieje się to późnym latem/wczesną jesienią – około sierpnia i września.
Początkowo przód ciała jest biały, z czarnymi plamkami na brzuchu, natomiast grzbiet jest całkowicie czarny. To bardzo powszechny kamuflaż na wolności, gdzie wiele zwierząt ma jaśniejszy brzuch niż grzbiet. Pod koniec lata pióra na grzbietach pingwinów zaczynają tymczasowo przybierać coraz bardziej brązowy kolor, co jest pewnym znakiem, że szykują się do zmiany upierzenia. Kiedy będą gotowe, stare pióra będą odstawać od ciała, nadając im dość „puszysty” wygląd, a następnie stopniowo odpadną. W tym czasie pingwiny nie będą tak często przebywać w wodzie, a ich apetyt zmniejszy się, ale na szczęście trwa to tylko kilka tygodni i szybko przyzwyczają się do nowego upierzenia.
Pisklęta pingwinów również przechodzą pierzenie. Jedno, gdy są świeżo wyklute, i drugie, gdy mają nieco ponad rok. W tym czasie przechodzą z kostiumu pisklęcego w kostium dorosłego osobnika, a na ich piersi pojawia się charakterystyczny ciemny pasek, a pyszczek nabiera ciemniejszego koloru.